Matematisk model kan estimere sandsynligheden for, at SARS-CoV-2-varianter ikke længere cirkulerer.
Forestil dig et scenarie, hvor en ny vaccineresistent variant af SARS-Cov-2 florerer blandt borgerne på en dansk ø – lad os sige Bornholm.
Lad os så også forestille os, at den danske regering vil stoppe smittespredningen til resten af Danmark ved meget simpelt at stoppe for al trafik til og fra Bornholm.
Hvor længe skal der så ikke være nogle registrerede smittetilfælde med varianten blandt de undersøgte positive PCR-prøver på Bornholm, før man kan være nogenlunde sikker på, at varianten er uddød og dermed ikke længere udgør en trussel? Altså, hvornår kan man sikkert åbne for trafikken til og fra Bornholm igen?
Det svar kan en danskudviklet algoritme komme med.
"Algoritmen kan blandt andet estimere sandsynligheden for, at sådanne varianter er uddøde, når nedlukninger bliver hævet, og fremadrettet kan den også benyttes til at regne på, hvor sandsynligt det er, at kommende varianter er uddøde, eller om SARS-Cov-2 helt er forsvundet," fortæller en af forskerne bag den nye algoritme, professor ved Klinisk Institut på Aalborg Universitet Martin Bøgsted.
Forskningen bag algoritmen er præsenteret i Scientific Reports.
Nordjylland lukkede ned
Udgangspunktet for udviklingen af beregningsmodellen var situationen i Nordjylland i november 2020, hvor mellem 20 og 60 pct. af alle positive PCR-prøver for coronavirus var med minkvarianter. Der var desuden opdaget 11 tilfælde af den særlige Cluster-5-minkvariant, som Statens Serum Institut var bekymret for, fordi den muligvis kunne være modstandsdygtig overfor de vacciner, der var under udvikling. Derfor blev fem nordjyske kommuner lukket ned i 14 dage i november 2020.
Længe inden de 14 dage blev påbegyndt, var de positive prøver med Cluster-5-minkvarianten dog forsvundet fra de generelle positive prøver for coronavirus.
Der var dog det problem, at ikke alle blev testet, og ikke alle positive prøver blev undersøgt for, om der var tale om minkvarianten. Spørgsmålet var så, hvor sikker man kunne være på, at Cluster-5-minkvarianten var uddød?
Det spørgsmål stillede Berlingske også i november 2020.
Da mediet hørte om det interdisciplinære projekt COVID-19-CTRL, der netop omhandlede matematiske modeller til kontrol af epidemier, var det naturligt at henvende sig til to af forskerne bag projektet, fortæller Martin Bøgsted.
"Vi var isolerede, fordi vi var omgivet af minkfarme, og sad samtidig og regnede på, hvor sikre vi kunne være på, at minkvarianten var forsvundet. Vores første beregninger viste sig at være for simple, så vi udviklede denne model, som kan komme med et bedre estimat for sandsynligheden for, at en virusvariant er uddød," forklarer han.
Et spørgsmål om, hvor sikker man vil være
I modellen inkluderer forskerne en masse parametre, der har indflydelse på sandsynligheden for, at en variant stadig florerer i befolkningen.
Disse parametre er blandt andre antallet af indbyggere i undersøgelsesområdet, restitutionstiden, kontakttallet og det oprindelige antal af prøver, hvor varianten blev fundet.
Dukker der blot ét tilfælde af den undersøgte variant op, er der ingen grund til at regne videre, for så er varianten jo ikke uddød.
Da forskerne retrospektivt regnede på sandsynligheden for, at Cluster-5-minkvarianten var forsvundet ud af mennesker, da de nordjyske kommuner lukkede op, fandt de frem til, at der på det tidspunkt var cirka 40 pct. sandsynlighed for, at varianten var uddød.
"Tallet er omgivet af del usikkerhed, da vi kun har baseret beregningerne på offentliggjorte data og f.eks. ikke har kunnet tage højde for f.eks. smittesporingsindsatsen. Det er et spørgsmål om, hvor sikker man vil være, før man åbner op," siger Martin Bøgsted.
Ny variant opstod på Cypern
Man kan retfærdigvis spørge sig selv om, hvor interessant det er at se på sandsynligheder for uddøde virusvarianter i bakspejlet, men modellen kan også benyttes til at kigge på sandsynligheder i realtid.
På Cypern opstod der for nogle uger siden en ny variant af coronavirus – deltakron, som var en kombination af deltavarianten og omikronvarianten. Det viste sig at være en fejl.
Hvis den nye variant virkelig var opstået, og havde den cypriotiske regering valgt at lukke landet ned, indtil varianten var uddød, skulle de bruge et redskab til at estimere sandsynligheden for, at den ikke florerede i befolkningen mere, selv efter den ikke var set i coronaprøver i et stykke tid.
I den sammenhæng kan beregningsmodellen blive anvendt, og faktisk tilbød Martin Bøgsted de cypriotiske forskere adgang til værktøjet. De vendte dog ikke tilbage på hans henvendelser. Værktøjet kan i øvrigt finde online her.
"Man kan også vende spørgsmålet om og så spørge, hvor lang tid man skal teste negative resultater for at være 100 pct. sikker på, at virus er uddød. Bare fordi alle tester negativ den ene dag, betyder det jo ikke, at virus er forsvundet. Vores model kan sige, hvor mange dage man skal have udelukkende negative svar, før man er så sikker, som man nu vælger at være. Derudover kan modellen også bruges til fremtidige pandemier," siger Martin Bøgsted.
